山口 拓也 博士（農学）/ Takuya Yamaguchi Ph.D
2021年4月〜現在
富山県立大学工学部生物工学科 助教/ Assistant Professor, Department of Biotechnology, Faculty of Engineering, Toyama Prefectural University
2016年11月〜2021年3月
筑波大学生命環境系 助教/Asistant Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba
Research interests
Biochemistry, Secondary metabolism, Metabolic engineering, Enzymology, Entomology, Bioinformatics
Weed Biology and Managementに、
Takuya Yamaguchi, Kohei Matsumura, Satoshi Iwakami, Yukari Sunohara, Hiroshi Matsumoto
Heterologous expression of CYP81A6 from rice (Oryza sativa) in Escherichia coli and structural analyses of bensulfuron-methyl metabolites
https://doi.org/10.1111/wbm.12235
が受理されました。
除草剤の多くは、作物に影響を与えず、雑草だけを枯死させる「選択性」を有しています。イネでは、CYP81A6がベンスルフロンメチルなどのALS (アセト乳酸合成酵素) 阻害剤に対する耐性に関わっていることが明らかにされています。また、CYP81A6はALS阻害剤を解毒代謝、例えば、ベンスルフロンメチルをO-脱メチルベンスルフロンメチルへと解毒代謝すると考えられてきました。しかし、その解毒代謝能についての直接的な証拠は示されていませんでした。そこで、大腸菌でCYP81A6の発現系を構築し、CYP81A6がベンスルフロンメチルをO-脱メチルベンスルフロンメチルへと解毒代謝することを示しました。
New Phytologist に
Takuya Yamaguchi, Yumi Matsui, Naoki Kitaoka, Yasumasa Kuwahara, Yasuhisa Asano, Hideyuki Matsuura, Yukari Sunohara, Hiroshi Matsumoto
A promiscuous fatty acid ω‐hydroxylase CYP94A90 is likely to be involved in biosynthesis of a floral nitro compound in loquat (Eriobotrya japonica)
https://doi.org/10.1111/nph.17441
が受理されました。
ビワの花香成分である(2-ニトロエチル)ベンゼンの生合成に関する論文です。
シトクロムP450、CYP94A90を植物初のニトロ基合成酵素として見出しました。CYP94Aファミリーは脂肪酸ω水酸化酵素として知られており、双子葉植物に保存されていました。そこでいくつかの植物からCYP94Aをクローニングし、活性を評価したところ、ニトロ基合成活性を有していることが明らかになりました。ほとんどの脂肪酸ω水酸化酵素CYP94Aがニトロ基合成活性も有していると考えられます。
Weed Biology and Management に
Masataka Izumi, Yukari Sunohara, Takuya Yamaguchi, Yoshiharu Fujii, Hiroshi Matsumoto
Isophorone‐induced light‐independent lipid peroxidation and loss of cell membrane integrity
https://doi.org/10.1111/wbm.12221
が受理されました。
泉さんによる、イソホロンのレタスに対する成長抑制作用のメカニズムに関する研究です。
Pest Management Scienceに
Feng Guo, Masaki Endo, Takuya Yamaguchi, Akira Uchino, Yukari Sunohara, Hiroshi Matsumoto, Satoshi Iwakami
Investigation of clomazone‐tolerance mechanism in a long‐grain cultivar of rice
https://doi.org/10.1002/ps.6274
が受理されました。
イネは品種によって除草剤のクロマゾンに対する耐性が異なります。その原因の解明を試みた論文です。
ACS Omegaに
Aem Nuylert, Makoto Nakabayashi, Takuya Yamaguchi, Yasuhisa Asano
Discovery and structural analysis to improve the enantioselectivity of hydroxynitrile lyase from Parafontaria laminata millipedes for (R)-2-chloromandelonitrile synthesis
https://doi.org/10.1021/acsomega.0c03070
が受理されました。
キシャヤスデ (Parafontaria laminata) の防御物質であるシアン化水素の生成に関わる酵素、ヒドロキシニトリルリアーぜ (PlamHNL) についての論文です。ヤスでからPlamHNLを精製し、性状解析、さらにX線結晶構造解析まで行っています。また、HNLは生体内とは逆反応を行うことができ、この性質を利用してアルデヒドとシアンからシアノヒドリンを立体選択的に合成することができます。そこで、高血栓症薬クロピドグレルなどの合成中間体である(R)-2-クロロマンデロニトリルの合成に利用するため、PlamHNLに変異を導入し、立体選択性を向上しました。
The FEBS Journalに
Fumihiro Motojima, Atsushi Izumi, Aem Nuylert, Zhenyu Zhai, Mohammad Dadashipour, Sayaka Shichida, Takuya Yamaguchi, Shogo Nakano, and Yasuhisa Asano
R‐hydroxynitrile lyase from the cyanogenic millipede, Chamberlinius hualienensis ‐ A new entry to the carrier protein family Lipocalines
https://doi.org/10.1111/febs.15490
が受理されました。
ヤンバルトサカヤスデ由来ヒドロキシニトリルリアーゼ (ChuaHNL) のX線結晶構造解析と反応機構に関する論文です。
Plant Molecular Biology 誌に
Functional characterization of cytochrome P450 CYP81A subfamily to disclose the pattern of cross-resistance in Echinochloa phyllopogon.
https://doi.org/10.1007/s11103-019-00954-3
が受理されました。
Pest Management Science 誌に
Quinclorac resistance in Echinochloa phyllopogon is associated with reduced ethylene synthesis rather than enhanced cyanide detoxification by β-cyanoalanine synthase
https://doi.org/10.1002/ps.5660
が受理されました
STAR を用いたマッピング
入手先
https://github.com/alexdobin/STAR
Alexander Dobin, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Jorg Drenkow, Chris Zaleski, Sonali Jha, Philippe Batut, Mark Chaisson, Thomas R. Gingeras; STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner, Bioinformatics, Volume 29, Issue 1, 1 January 2013, Pages 15–21, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts635
リファレンスの作成
$ STAR --runThreadN スレッド数 --runMode genomeGenerate --genomeDir /path/to/genomeDir --genomeFastaFiles /path/to/genome_fasta_file --sjdbGTFfile /path/to/gtf-file (gtf ファイルはなくてもリファレンスを作成できる)
マッピング
$ STAR --runThreadN スレッド数 --genomeDir /path/to/genomeDir --readFilesIn /path/to/read_1.fq /path/to/read_2.fq --outSAMtype BAM SortedByCoordinatePlant Science 誌に、
Guo, F., Iwakami, S., Yamaguchi, T., Uchino, A., Sunohara, Y., & Matsumoto, H.
Role of CYP81A cytochrome P450s in clomazone metabolism in Echinochloa phyllopogon
https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2019.02.010
が受理されました。
Takuya Yamaguchi 